mFISH用于染色体核型分析，可以鉴定数目异常，一些结构重排，例如简单和复杂结构易位，比较大的重复和缺失及一些臂间倒位也能简单鉴定出，重要的是mFISH相对于核型分析来说是全自动，节省了劳力与时间。

在核型分析中，确定断裂点也很重要，mFISH可以作为染色体数目异常及一些结构改变的筛选实验，然后用片段长度分析和染色体带型转换图确定其断裂点。

但是，mFISH用于核型分析不能检测臂内倒位、一些臂间倒位、小的重复及缺失(微缺失综合征)，用于检测隐匿的端粒易位的敏感性还未确定，对于一些中间丢失的断裂点的确定，只能靠传统核型分析。为了使mFISH技术更完善，需要设计位置特异性探针，如臂、带或端粒特异探针。人类基因物理图谱的建立及染色体显微切割技术的发展将大为便利探针库的建立，并能应用于特殊诊断。

肿瘤细胞遗传学及标记染色体的鉴定　
mFISH用于肿瘤细胞遗传学分析可以发现新的染色体异常，如白血病、淋巴瘤及难以进行常规分析的实体瘤的染色体畸变。白血病和淋巴瘤中最多见的是染色体易位，用传统核型分析和FISH已经进行了深入细致的研究。其中有一些相互易位的遗传物质及条带十分相似，用常规方法不能分析出。如t(12;21)易位发生在至少25%的儿童B系急淋患者中，但是由于相互易位染色体的带型与大小很接近，常规细胞遗传学方法的检出率还不到0.05％。那么还有多少未知的染色体畸变不能用常规方法检出，因而也不能用FISH定位。在这方面，用24色FISH将能大大提高检出率。同样，至今我们仍不知道有多少白血病患者有正常的染色体核型(多数实验室报道约15%～20%)，mFISH的应用可能为回答这一问题提供有力的手段。

许多肿瘤有着十分复杂的染色体重排，这些重排染色体被称为标记染色体(marker chromosome)。mFISH在确定标记染色体的来源方面有着突出的优点，根据标记染色体上不同的颜色能很快确定其来源。Speicher等用mFISH分析了鳞状细胞肉瘤细胞系HTB43，很快地确定了其标记染色体的结构重排和各自来源。可以预见，mFISH与常规核型分析联合应用将会使恶性肿瘤染色体异常的诊断达到前所未有的准确。

生物学研究　mFISH可用于种间进化研究，通过比较细胞遗传学来检查种系发生，分析染色体结构域及它们的相互关系，特别可以用于检查不同物种染色体序列的同源性程度，在植物、生物进化、农业研究中起到重要的作用。mFISH还能用于间期细胞遗传学研究，检测基因的扩增，分析核内组织，定义染色体结构域或多基因家族，确定细胞周期及疾病阶段，为染色体结构和功能研究提供新的信息。

总之，mFISH能应用于临床研究、肿瘤诊断和科研等各方面，有其独特的适用范围及优点。它将是传统细胞遗传学最好的补充。FISH的出现，使细胞遗传学进入了一个彩色的时代，而mFISH将是这个时代中又一重要的标志。可以预见的是更多的色彩将同时出现在一张标本上，为我们提供更多的细胞遗传学信息。